稀有精灵的获取需要玩家掌握特定地点和触发条件。三大经典神兽火焰鸟、闪电鸟和急冻鸟的位置最为明确：火焰鸟位于1号岛的灯火山顶，闪电鸟藏在无人发电厂最深处，急冻鸟则需要前往双子岛通过推岩石堵住瀑布才能见到。超梦作为游戏中最强神兽之一，栖息在华蓝洞窟最底层，需使用冲浪和攀瀑技能才能抵达。这些神兽等级较高，建议队伍平均等级达到50级以上再尝试捕捉。
梦幻作为隐藏最深的传说精灵，需要取得特殊钥匙才能在一座位于红莲岛边缘的小屋中遇到。路基亚和凤凰分别位于3号岛和1号岛的特定区域，其中路基亚在第三个岛右侧的草丛中，凤凰则需在1号岛山顶的草丛中寻找。雪拉比出现在3号岛左侧的森林深处，而三神柱（岩神柱、冰神柱、钢神柱）分别藏匿于1号岛草丛、双子岛及发电站附近，这些精灵的隐蔽性极强，需反复探索才能发现。
部分稀有精灵需要完成特定任务才能解锁。例如在月见山深处击败研究员后，可从化石盔和菊石兽的化石中二选一复活；通过正辉的剧情任务可获得船票，开启七岛探索后才有机会捕捉路基亚和凤凰。紫苑镇宝可梦塔顶层的富士老人任务会奖励宝可梦笛子，用于唤醒挡路的卡比兽，而卡比兽本身也是稀有精灵之一。狩猎区独有的袋龙和迷你龙需要使用特殊沙狐球才能捕捉。
捕捉技巧方面，建议对目标使用睡眠或冰冻状态提升成功率，同时将精灵HP削弱至红色区域。高级精灵球如超级球、高级球对稀有精灵更有效，大师球建议保留给超梦或三神鸟。在双子岛等复杂地形需携带会怪力术的精灵推动岩石，无人发电厂等区域建议提前准备防麻痹道具。使用黄金喷雾剂可暂时避免遭遇低级野生精灵，集中精力寻找目标。
彩虹市百货公司可购买大量高级精灵球和状态恢复道具；枯叶市可获得战斗探测器用于反复挑战训练师练级；浅红市能获取超级钓竿以捕捉水系稀有精灵。若在七岛任务中获得陨石，可交给研究员换取月亮石等进化道具。建议在遭遇稀有精灵前手动保存，避免捕捉失败导致永久错过。
